当社の原点は、初代神谷傳兵衛（かみやでんべえ）氏が1880年（明治13年）浅草花川戸に開業した「みかはや銘酒店」（のちの「神谷バー」）にまで遡ります。

その後、神谷傳兵衛氏は、1900年（明治33年）日本酒精製造株式会社（工場は、のちの神谷酒造株式会社旭川工場）を開設して民間初のアルコール製造を開始し、また1903年（明治36年）には、日本のワイン醸造の1ページを飾るシャトーカミヤ（茨城県牛久市）を建設するなど、日本の産業の黎明期に国産アルコールと本格ワインづくりという2つの事業化を成し遂げました。

1924年 （大正13年）	10月	北海道内の焼酎製造会社4社（神谷酒造株式会社　旭川工場、東洋酒精醸造株式会社、北海道酒類株式会社、北海酒精株式会社）が合併し、旭川市に合同酒精株式会社を設立、資本金111万円。
1946年 （昭和21年）	7月	東北アルコール工業株式会社を合併し、八戸工場とする。
1948年 （昭和23年）	10月	子会社　旭商会株式会社（1992年（平成4年）10月 株式会社牛久シャトーガーデンに商号変更）を設立し、シャトーカミヤ（茨城県牛久市）の営業を開始。
1949年 （昭和24年）	5月	東京証券取引所に株式を上場。
1955年 （昭和30年）	11月	葵酒造株式会社を合併し、清水工場とする。
1956年 （昭和31年）	5月	菊美酒造株式会社を合併し、東京工場とする。
1960年 （昭和35年）	3月	子会社　旭川酒類容器株式会社（1968年（昭和43年）2月 ゴードー商事株式会社に商号変更）を設立。
	10月	神谷酒造株式会社（1940年（昭和15年）に浅草の株式会社神谷傳兵衛本店が改称）を合併し、吾妻橋洋酒工場とする。
	10月	東京事務所新社屋（現 オエノン銀座ビル）を建設。
1961年 （昭和36年）	12月	太陽醸造株式会社を合併し、芝浦工場とする。
1963年 （昭和38年）	6月	本店の所在地を旭川市から東京都中央区に移転。
	10月	3工場（吾妻橋洋酒工場、東京工場、芝浦工場）を集約し、松戸市に東京工場を建設。
1964年 （昭和39年）	1月	東京工場敷地内に中央研究所（現 酵素医薬品研究所）を建設。
	3月	西宮酒精株式会社（1975年（昭和50年）11月 ゴードー興産株式会社に商号変更）の株式を取得し、西宮工場とする。
1968年 （昭和43年）	11月	株式会社サニーメイズを設立（現 子会社）。
1970年 （昭和45年）	3月	八戸工場内に酵素工場（現 酵素医薬品工場）を建設。
1979年 （昭和54年）	10月	子会社　ゴードー倉庫株式会社を設立（現 ゴーテック株式会社）。
	11月	子会社　株式会社ワコーを設立。
1982年 （昭和57年）	1月	東京工場内に酒類食品研究所（現 新商品開発センター）を設立。
1996年 （平成8年）	6月	東京工場内に関東物流センターを建設。
	7月	シャトーカミヤ内に地ビール工場を建設。
1998年 （平成10年）	6月	子会社　株式会社大雪乃蔵を設立。
	11月	子会社　株式会社ゴードーアセットコーポレーションを設立（現 株式会社オエノンアセットコーポレーション）。
2000年 （平成12年）	1月	山信商事株式会社の株式を取得（現 子会社）。
2001年 （平成13年）	1月	福徳長酒類株式会社の株式を取得（現 子会社）。同社および同社子会社である秋田県醗酵工業株式会社を連結対象子会社とする。
2002年 （平成14年）	10月	ゴードー倉庫株式会社がゴードー興産株式会社と合併し、ゴーテック株式会社（現 子会社）に商号変更。

2003年 （平成15年）	7月	持株会社体制に移行し、オエノンホールディングス株式会社に商号変更。新たに子会社 合同酒精株式会社を設立。
	7月	富久娘酒造株式会社の株式を取得（現 子会社）。
	11月	オエノン銀座ビル内にフレンチレストラン「le 6eme sens d' oenon（ル・シズィエム・サンス・ドゥ・オエノン）」をオープン。
2004年 （平成16年）	3月	酒類基礎研究所を韮崎工場隣接地に建設。
	6月	オエノングループ名古屋事務所を建設。
2005年 （平成17年）	4月	子会社である福徳長酒類株式会社から会社分割により秋田県醗酵工業株式会社の株式を取得（現 子会社）。
2006年 （平成18年）	10月	合同酒精株式会社が、株式会社牛久シャトーガーデンを吸収合併。
2007年 （平成19年）	3月	北の誉酒造株式会社の株式を取得（現 子会社）。同社および同社子会社である越の華酒造株式会社を連結対象子会社とする。
	3月	オエノングループ関西事務所を建設。
2008年 （平成20年）	1月	合同酒精株式会社が、ゴードー商事株式会社を吸収合併。
	6月	シャトーカミヤが文部科学省より国指定重要文化財に認定。
	10月	久留米工場内に九州物流センターを建設。
2009年 （平成21年）	3月	オエノングループ北海道事務所を開設。
	4月	苫小牧工場（バイオエタノール技術実証プラント及び酒類原料用・工業用アルコール工場）を建設。
2011年 （平成23年）	8月	オエノングループ広島事務所を開設。